Es el año 2029, el fenómeno mundial conocido como El Suceso Más Trágico, Más Grotesco y Más Terrible de la Historia de la Humanidad (人類史上最大最悪の絶望的事件) ha tomado al mundo entero con todo su caos y desorden social, por más que las fuerzas de la fundación futuro trabajan arduamente para combatir a los seguidores de Junko Enoshima, parece que necesitaran de más tiempo como para considerarlo una victoria para la Esperanza de la Humanidad. Sin embargo, no parecen detenerse en lo más mínimo aún si todavía todo se ve oscuro.

​

Pero hagamos algo de contexto, en el año 2024 todo iba como cualquier otro año escolar más en la Kibougamine Gakuen, con sus altos y bajos, como también sus planes tras bambalinas y el proyecto Kamukura confiado solo al personal más apto para ello. Sin embargo, a inicios del año 2025 fue donde todo empezó a irse… a pique, que fue el inicio de La Tragedia a manos de Enoshima. Tras el escándalo del examen anual, dónde terminó Komaeda Nagito expulsado de la academia un tiempo, el hecho de que iniciasen con el Sujeto 01 del proyecto Kamukura y terminase con la masacre del consejo estudiantil, hizo que Junko de aprovechase de los dos últimos mencionados para crear la revuelta del curso de reserva, al hacer ver a Kamukura Izuru como una amenaza y que los recursos que se gastaban todos los años en matrícula estaban destinados a una máquina asesina no les sentaron muy bien.

​

Eso provocó que Jin Kirigiri hiciese pruebas de estrés a los Ultimates, en lo que buscaba una forma de solventar todo el embrollo en el que se habían metido en menos de  un mes. Todo se estaba yendo a picado exponencialmente, pero una vez más, hizo gala de lo que a él realmente le interesaba: las personas con talento. No contenta con ello, Enoshima una vez más saboteó algunas pruebas tras manipular a los evaluados y terminar por usar esas mismas maquinarias en alumnos de forma aleatoria para infestarles de su tan amada desesperación. De ese modo, acabaría por obtener sus nuevas herramientas para sus propios fines.

​

Para cuando lograron todos resguardarse en la aparente seguridad de la Kibougamine Gakuen, lo que no sabrían era que… eso iba a ser su perdición. Ya que la Corporación Abismo, fundada por Enoshima Junko y que tenía como integrantes a las peores personas —hablando en temas de moral, ética— que se podían imaginar, el que estuvieran afines a sus ideas de mandar el mundo entero a su perdición colaboraron para la realización de las simulaciones de juegos de matanza mutua. Un total de tres años de forma paralela ocurrieron, debido a la planificación que se debía de realizar, así como también en el caso de la Clase 77-B que primero decidieron usarlos para La Tragedia antes de que fueran capturados por la fundación futuro. De todas maneras, como no se daban suficiente abasto como para tener todo bajo control, la Corporación Abismo volvió a hacerse con ellos y sabotear el NWP para que existiese ese juego de matanza mutua.

 

Finalizando con el Killing Game de Lopushansky, un año entero luego de esos tres pasados tomó lugar, ya que debían de secuestrar personas aprovechándose del caos de la tragedia, que se pareciese lo suficientemente a los secuestrados que tenían cautivos. Bajo la falsa esperanza de que si hacían lo que se les ordenaban, iban a vivir bajo el control de Enoshima, la desesperación bajo el síndrome del impostor cuando descubriese la verdad tenía como objetivo que se rindiesen a continuar viviendo. Pese a ello… No ocurrió como se esperaba, pero eso no fue un problema siquiera para ellos: si de todas maneras iban a deshacerse de esos "actores" en primer lugar.

​

… y aquí estamos una vez más, luchando Contra la Desesperación.